Nella fase progettuale, sarà essenziale procedere con carta e penna, disegnando in modo scrupoloso la configurazione che dovrà avere l'area dedicata al giardino zen: precisamente, occorrerà fare un elenco degli elementi (oggetti, piante o sassi) che andranno a riempire ciascun spazio e scegliere accuratamente la propria collocazione, in maniera che possano donare la pace e l'armonia.
Per definizione, il giardino zen (meditazione) è minimalista, ovvero le piante e gli alberi non sono essenziali: basterà pensare che, in tanti giardini di questa tipologia, l'unica forma vegetale presente è rappresentata dal muschio, adagiato sulle rocce o sulla sabbia (cose solitamente molto ricorrenti).